Dal 2002 sono state razionalizzate le regole di accesso al Pronto Soccorso.
Gli infermieri attribuiscono ai pazienti un codice colore per stabilire la priorità di accesso alle cure, al fine di evitare le attese per i casi più urgenti: è questo il processo di "triage" (dal francese "trier", selezionare), elaborato in origine nella sanità militare, per assicurare il più ampio beneficio di salute al maggior numero possibile di persone, nel tempo più breve possibile.
I codici di priorità attribuiti sono quattro, a seconda della gravità delle condizioni del paziente:

codice rosso: per le situazioni di emergenza che richiedono l'intervento immediato per grave pericolo di vita del paziente.
codice giallo: per le situazioni di urgenza, in cui esiste il rischio di peggioramento delle
condizioni, tale da compromettere la vita del paziente.
codice verde: per le situazioni di urgenza differibili nel tempo, in cui non esiste pericolo
di vita, ma è necessaria comunque una risposta sollecita.
codice bianco: per i casi meno gravi, per i quali non esiste rischio di peggioramento e che
potrebbero essere trattati in ambulatorio, senza ricorrere al pronto soccorso.

Quando è necessario viene disposto il ricovero d'urgenza direttamente nei reparti di degenza e, qualora ciò non sia possibile o siano necessarie cure eseguibili presso un'altra struttura sanitaria, può essere disposto il trasporto protetto, previo contatto con la struttura di destinazione. Grazie alla presenza in ospedale di molte specialità, i trasferimenti avvengono quasi esclusivamente per i trattamenti cardiochirurgici.
In Pronto Soccorso sono garantiti, oltre agli interventi necessari per la rianimazione e la stabilizzazione del paziente critico, il primo inquadramento clinico e l'effettuazione dei primi accertamenti diagnostici, strumentali e di laboratorio.
Presso il padiglione San Pio è attivo il Pronto Soccorso ostetrico, al quale si può accedere direttamente, senza passare dal Pronto Soccorso generale.